◇ 1965年〜1966年 (名簿提出、重複選手抽選方式)
各球団が希望選手30名以内の名簿をコミッショナー事務局に提出。 1位から12位まで順位をつけて記載し、他球団とダブった場合抽選。 外れた場合は自球団の名簿順位に従い選手を指名。 12球団各1名の指名選手がそろったところで第1次選択終了。
第2次選択は提出名簿に従って下位球団優先指名、 一巡後逆戻りで上位球団から指名。
1966年は年2回
・第一次ドラフト(9月)
社会人と国体に参加しない高校生が対象。
・第二次ドラフト(11月)
国体出場高校生と大学生が対象。

◇ 1967年〜1977年 (指名順位抽選方式)
全球団が予備抽選して指名順位を決め、指名を行ない、12球団目から折り返し。 1974年からは6人以内。

◇ 1978年〜1990年 (重複選手抽選方式)
各球団が希望選手を1回毎に提出。他球団と重複したら抽選し、 外れたら下位球団優先で選手を指名。 1980年までは4人以内、1981年〜1990年は6人以内。

◇ 1991年〜1992年 (重複選手抽選方式、順位順折り返し方式併用)
・4順指名までは前年までと同じ。
・5順目以降は下位球団順による折り返し指名で10人以内。
ここから新人選手は全てドラフトを通す。

◇ 1993年〜2000年 (逆指名および重複選手抽選方式、順位順折り返し方式併用)
・1位、2位指名の「指定枠採用選手」は社会人、大学生選手に事前調査し
希望球団を逆指名してもらい希望された球団が指名。 重複した場合は、1)選手の希望優先 2)指名順位で交渉権を決める。
・高校生は事前調査を行なわず、前年までと同じ。
1995年から一部の高校生選手の進路調査を加える(逆指名なし)。
・3位指名以下の「任意枠採用選手」からは下位球団順による折り返し指名。
1994年までは1球団計10人以内、1995年からは8人以内。 1999年は原則8人以内で、指名が8人未満の球団があった場合、 全体の合計が96人以内なら10人以内で指名も可能。

◇ 2001年〜2004 (自由獲得枠、重複選手抽選方式、順位順折り返し方式併用)
会議前に「自由獲得枠」として社会人、大学生選手を2名まで獲得できる。 使用した自由獲得枠によりドラフト3順までの指名権に違いがある。
・1順目指名は指名権のある球団が希望選手を提出。
重複したら抽選(全て決定するまで繰り返し)。
・2順目以下は下位球団順による折り返し指名。
ただし2順目と3順目は共に指名権のある球団の下位から。

自1 ○ ○ --  会議前
自2 ○ -- --  会議前
1順 × × ○  重複指名抽選
2順 × ○ ×  下位→上位
3順 × × ○  下位→上位
4順 ○ ○ ○  上位→下位
5順 ○ ○ ○  下位→上位
(以下交互繰り返し)

高校生
1順 ○ -- ○ -- ──┐抽選、外れは下位→上位
2順 × × ○ ○ ←┐│下位→上位
3順 下位→上位    ││
4順 上位→下位    ││
(以下交互繰り返し)││
                  ││
大学・社会人      ││
希  ○ ○ -- -- ─┤│会議前
1順 △ △ × × ←┤│下位→上位、希望枠の入団が決まらない球団のみ
2順 × △ × × ←┴┘下位→上位、希望枠の入団が決まらない球団のみ
3順 下位→上位
4順 上位→下位
(以下交互繰り返し)